Аграрная реформа начала 90-х гг. привела к затяжному кризису агропромышленного комплекса, охватившему большинство регионов России, включая Сибирь. Происходят свертывание инвестиционной деятельности в АПК, разрушение материально-технической базы и снижение научно-технического уровня сельского хозяйства. Обесценивается сельскохозяйственный труд, ухудшается профессиональный уровень работников, ослаблены морально-нравственные критерии поведения людей. В то же время в Сибири осуществляются научные разработки, использование результатов которых позволит усовершенствовать системы ведения агропромышленного производства, увеличить продуктивность земледелия и животноводства, повысить эффективность АПК и в результате улучшить обеспечение населения продовольствием. Решение проблемы перехода к устойчивому развитию сельскохозяйственного производства из-за ее сложности и многогранности возможно лишь на основе системного подхода при комплексном осуществлении всех необходимых мероприятий в соответствии с зональными особенностями земледелия и широким использованием достижений науки. Первостепенное значение при этом имеют организационно-экономические меры, осуществляемые на федеральном, региональном (республика, край, область) и местном (предприятие) уровнях, позволяющие: оптимизировать организационные формы и внутрихозяйственный экономический механизм предприятий сельского хозяйства с усилением мотивации работников к труду; улучшать экономические условия деятельности сельскохозяйственных и других предприятий АПК за счет обеспечения эквивалентности цен, расширения практики авансирования продукции, льготного кредитования, ослабления налоговой нагрузки на товаропроизводителей; развивать и углублять агропромышленную интеграцию, совершенствовать взаимоотношения предприятий сельского хозяйства, переработки и торговли; усиливать социальную направленность аграрной политики за счет повышения доходов работников сельского хозяйства, развития сельской социальной инфраструктуры; совершенствовать структурные преобразования в АПК, полнее отражая зональные условия и особенности конкретных хозяйств, их финансовые и материально-технические возможности.