Контроль за качеством работы аудитора осуществляется в нескольких формах: контроль основного аудитора за работой своих ассистентов, контроль аудиторской фирмы за работой аудитора и внешний контроль. Основной аудитор в процессе работы должен постоянно контролировать и направлять работу ассистентов, т. е. менее квалифицированных сотрудников. Основной аудитор несет полную ответственность за выполнение аудита. Ассистенты должны знать об их ответственности и целях процедур, которые они должны выполнить, о деятельности предприятия и возможных учетных аудиторских проблемах, влияющих на сущность, время проведения и масштаб аудиторских процедур. Письменная программа аудита служит важным элементом передачи аудиторских полномочий. Контроль аудиторской фирмы за работой аудитора осуществляется, во-первых, посредством обсуждения и проверки обоснованности аудиторского плана и программы проведения аудита, во-вторых, посредством строгого соблюдения организационно-этических аудиторских принципов (в частности, аудитор, консультирующий клиента или восстанавливающий его бухгалтерский учет, не направляется к нему же с проверкой и т. п.), в-третьих, некоторые аудиторские фирмы практикуют повторные, бесплатные для клиента перепроверки достоверности отчетности другим аудитором фирмы уже после выдачи аудиторского заключения основным аудитором. Внешний контроль могут выполнять государственные органы, что предусмотрено действующим законодательством.