Основной целью деятельности Федерального фонда является создание эффективно действующего финансового механизма для реализации мероприятий Федеральной программы государственной поддержки малого предпринимательства в Российской Федерации, а также участие в финансировании региональных программ и проектов, направленных на развитие малого предпринимательства на основе ресурсов, как федерального бюджета, так и внебюджетных источников. Федеральный фонд имеет уникальный статус в виде государственной некоммерческой организации в форме учреждения, имеющего право заниматься предпринимательской деятельностью для достижения поставленных государством целей. При этом сочетание функций инвестиционной кредитно-финансовой организации, а также стабильность, гарантированность и контролируемость денежных потоков, которые характерны для государственного учреждения. Таким образом, Федеральный фонд организационно и функционально готов выполнять центральную роль кредитной организации в форме государственного учреждения федерального уровня в системе государственной поддержки малого предпринимательства в Российской Федерации. Федеральным фондом реализована на практике структура организации финансирования поддержки малого предпринимательства. В большинстве регионов созданы фонды поддержки малого предпринимательства. Как правило, они находятся под реальным контролем органов власти. В будущем эти фонды должны взять на себя ключевую роль по проектному и финансовому управлению региональными программами развития малого предпринимательства на основе использования ресурсов Федерального фонда и регионов, но в настоящее время они часто даже не имеют профессиональных кадров, способных организовать создание целостной региональной инфраструктуры поддержки малого бизнеса. В условиях ограниченности государственных средств, выделяемых на поддержку малого предпринимательства, Федеральным фондом выработана принципиальная финансовая стратегия, которая основывается, в первую очередь, на целенаправленной деятельности по привлечению международного и российского банковского капитала в реализацию важных для Российской Федерации программ и проектов, осуществляемых структурами поддержки малого предпринимательства и субъектами малого бизнеса. При этом уделяется большое внимание расширению и укреплению делового сотрудничества между малым и средним предпринимательством России и зарубежных стран. В целях обеспечения финансирования важных для Российской Федерации программ и проектов в области малого предпринимательства, Федеральный фонд подписал соответствующее генеральное соглашение о сотрудничестве в рамках Федеральной программы с рядом ведущих российских коммерческих банков, среди которых ОНЭКСИМ Банк, Столичный Банк Сбережений, Промрадтехбанк и другие.