Одним из серьезнейших препятствий на пути развития инновационной деятельности в России является недостаток финансовых ресурсов, как собственных фондов предприятия, формируемых за счет прибыли и амортизационных отчислений, так и привлеченных, образуемых за счет кредитов и долевого участия. Новым источником инвестиций для российских предприятий, особенно малых фирм, избравших в качестве основного ориентира производство наукоемкой продукции, стала прибыль от непрофильной деятельности. Система финансирования инновационной деятельности, практикуемая ныне в России, нуждается в совершенствовании как в части прямого выделения средств, так и в части косвенного. Недостаток капитала – хроническая болезнь российской экономики. Но система использования уже выделенных государственным бюджетом дефицитных инвестиционных ресурсов нацели инновационных преобразований свидетельствует об их низкой эффективности, а иногда и об отсутствии каких-либо результатов в сфере общественно потребления. Причин этому множество: во-первых, отсутствует четкое нормативное закрепление целей бюджетирования, во-вторых, нет оптимизированной пропорции финансирования фундаментальной и прикладной науки, в-третьих, полностью отсутствуют даже ориентировочные индикаторы соотношения расходов основного научно-производственного сектора и затрат инфраструктуры инновационного комплекса страны, в-четвертых, нет контроля за мероприятиями, проводимыми в инновационном секторе общественного производства.