Проблемой в аудиторской деятельности на сегодняшний момент является отсутствие национальных стандартов по аудиту. В российской теории стандарты еще называют правилами аудита. Проблемы существуют и в сфере подготовки и аттестации аудиторов. Одной из проблем является объединение функций по обучению и аттестации аудиторов в учебно-методических центрах. Еще одна проблема – оплата аудиторских услуг. Особенно остро она касается аудита предприятий сельского хозяйства.