Рассмотрены вопросы организации инновационной банковской деятельности. Установлено, что уровень развития банковского сектора определяется финансовым рынком в целом, механизмами государственного регулирования банковской деятельности. Эффективность банковской системы характеризуется соответствием банковских услуг потребностям реального сектора экономики и формированием банковских инноваций для дальнейшего развития производства. Предложен механизм взаимодействия субъекта, объекта инновационной деятельности, операционной и конкурентной среды банковской деятельности.