Проводится анализ организации системы рефинансирования кредитных организаций Банком России, который позволил выявить ряд проблем ее развития: существование двухъярусной системы рефинансирования, малоэффективность и недоступность для большинства банков используемых Банком России инструментов системы рефинансирования, скопление в банковской системе излишних ресурсов слишком высокой ликвидности, высокий уровень риска вложений средств в реальный сектор экономики, несформированность рынка инвестиционных проектов. Предлагаются два выхода для решения поставленных проблем: либо возврат к рыночному рефинансированию, либо упорядочение сложившейся двухъярусной системы. Определяются способы решения каждой из проблем развития системы рефинансирования Банком России: разработка залогового законодательства относительно расширения перечня активов, принимаемых в залог при предоставлении кредитов Банком России; ограничение портфеля госбумаг, находящихся в распоряжении Сбербанка России; выпуск облигаций Банка России, которые используются для обеспечения кредитов ЦБ РФ; построение комплексной системы страхования и управления рисками; организация конкурса инвестиционных проектов, критерием выбора которых должна являться эффективность вложений.