В систему государственного независимого аудита Кыргызстана внедряется аудит эффективности как разновидность аудита использования государственных средств. Аудит эффективности должен не просто дополнить традиционные проверки законности и целевого использования бюджетных средств, а, что является наиболее важным, наполнить новым содержанием саму систему государственного независимого аудита. Аудит эффективности является более сложным видом государственного аудита использования государственных средств по сравнению с финансовым аудитом и имеет свою, принципиально отличающуюся технологию проведения. Для его полного внедрения в систему государственного независимого аудита Кыргызстана потребуется провести большую работу по созданию соответствующих условий.